CRISTALLOGENESE DE MACROMOLECULES BIOLOGIQUES EN VUE D'ETUDES STRUCTURALES PDF Download
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Author: CLAUDE.. SAUTER
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Languages : fr
Pages : 178
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Book Description
CE TRAVAIL DE THESE A ETE L'OCCASION D'ABORDER PLUSIEURS FACETTES DE LA CRISTALLOGENESE BIOLOGIQUE, DISCIPLINE DONT LA VOCATION EST DE MIEUX COMPRENDRE L'IMPACT DE DIFFERENTS PARAMETRES PHYSICO-CHIMIQUES SUR LA CRISTALLISATION DES MACROMOLECULES BIOLOGIQUES. UNE PREMIERE PARTIE CONCERNAIT L'ASPARTYL-ARNT SYNTHETASE DE LEVURE. UNE FORME RACCOURCIE DE CETTE PROTEINE A ETE PURIFIEE A HOMOGENEITE. L'ETUDE DE SON COMPORTEMENT EN SOLUTION PAR L'ETABLISSEMENT D'UN DIAGRAMME DE PHASE A PERMIS D'IDENTIFIER DES CONDITIONS OPTIMALES DE CROISSANCE DE DEUX FORMES CRISTALLINES. L'ANALYSE DE CES CRISTAUX PAR DIFFRACTION AUX RAYONS X A CONDUIT A LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE DE CETTE ENZYME A UNE RESOLUTION DE 2,3 A UN SECOND ASPECT CONCERNAIT L'USAGE D'ADDITIFS DE CRISTALLISATION AFIN D'AMELIORER LA QUALITE DES CRISTAUX. L'EFFET D'UNE SOIXANTAINE DE COMPOSES A ETE ANALYSE SUR LA CRISTALLISATION DE DEUX LYSOZYMES, DE LA THAUMATINE ET L'ASPRS DE THERMUS THERMOPHILUS, CE QUI A CONDUIT A MIEUX DEFINIR LES CONCENTRATIONS AUXQUELLES CES ADDITIFS DEVRAIENT ETRE EMPLOYES. DES POLYMINES NATURELLES ET SYNTHETIQUES ONT EGALEMENT ETE UTILISEES POUR AUGMENTER DE FACON SIGNIFICATIVE LA LIMITE DE DIFFRACTION DE CRISTAUX D'ARNT P H E DE LEVURE. UN DERNIER POINT S'ATTACHAIT A AMELIORER LA PERFECTION CRISTALLINE EN DIMINUANT LA CONVECTION DANS LE MILIEU DE CRISTALLISATION, SOIT PAR L'EMPLOI DE GEL, SOIT PAR CRISTALLISATION EN MICROGRAVITE. UN PREMIER TRAVAIL A PERMIS DE DEMONTRER PAR DIFFERENTES TECHNIQUES DE DIFFRACTION (TOPOGRAPHIE X ET MESURE DE MOSAICITE DES CRISTAUX) L'EFFET BENEFIQUE D'UN GEL D'AGAROSE SUR LA QUALITE DES CRISTAUX DE THAUMATINE, DE LYSOZYME DE DINDE, D'ASPRS DE T. THERMOPHILUS ET DU VIRUS DU RABOUGRISSEMENT BUISSONNEUX DE LA TOMATE. UN DEUXIEME TRAVAIL, REALISE LORS D'UNE MISSION SCIENTIFIQUE A BORD DE LA NAVETTE SPATIALE NOUS A PERMIS DE TESTER L'EFFET CONJOINT DU GEL ET DE LA MICROGRAVITE SUR LA THAUMATINE. CES ETUDES COMPARATIVES MONTRENT QUE LA CROISSANCE EN GEL, TOUT COMME EN MICROGRAVITE, AMELIORE LES DONNEES DE DIFFRACTION ET LA MOSAICITE DES CRISTAUX. DES ESPACES COMPLETS DE DIFFRACTION ONT ETE COLLECTES A PARTIR DE CRISTAUX OBTENUS EN MICROGRAVITE, PERMETTANT LE CALCUL DE CARTES DE DENSITE ELECTRONIQUE A RESOLUTION ATOMIQUE (
Author: CLAUDE.. SAUTER
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Languages : fr
Pages : 178
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CE TRAVAIL DE THESE A ETE L'OCCASION D'ABORDER PLUSIEURS FACETTES DE LA CRISTALLOGENESE BIOLOGIQUE, DISCIPLINE DONT LA VOCATION EST DE MIEUX COMPRENDRE L'IMPACT DE DIFFERENTS PARAMETRES PHYSICO-CHIMIQUES SUR LA CRISTALLISATION DES MACROMOLECULES BIOLOGIQUES. UNE PREMIERE PARTIE CONCERNAIT L'ASPARTYL-ARNT SYNTHETASE DE LEVURE. UNE FORME RACCOURCIE DE CETTE PROTEINE A ETE PURIFIEE A HOMOGENEITE. L'ETUDE DE SON COMPORTEMENT EN SOLUTION PAR L'ETABLISSEMENT D'UN DIAGRAMME DE PHASE A PERMIS D'IDENTIFIER DES CONDITIONS OPTIMALES DE CROISSANCE DE DEUX FORMES CRISTALLINES. L'ANALYSE DE CES CRISTAUX PAR DIFFRACTION AUX RAYONS X A CONDUIT A LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE DE CETTE ENZYME A UNE RESOLUTION DE 2,3 A UN SECOND ASPECT CONCERNAIT L'USAGE D'ADDITIFS DE CRISTALLISATION AFIN D'AMELIORER LA QUALITE DES CRISTAUX. L'EFFET D'UNE SOIXANTAINE DE COMPOSES A ETE ANALYSE SUR LA CRISTALLISATION DE DEUX LYSOZYMES, DE LA THAUMATINE ET L'ASPRS DE THERMUS THERMOPHILUS, CE QUI A CONDUIT A MIEUX DEFINIR LES CONCENTRATIONS AUXQUELLES CES ADDITIFS DEVRAIENT ETRE EMPLOYES. DES POLYMINES NATURELLES ET SYNTHETIQUES ONT EGALEMENT ETE UTILISEES POUR AUGMENTER DE FACON SIGNIFICATIVE LA LIMITE DE DIFFRACTION DE CRISTAUX D'ARNT P H E DE LEVURE. UN DERNIER POINT S'ATTACHAIT A AMELIORER LA PERFECTION CRISTALLINE EN DIMINUANT LA CONVECTION DANS LE MILIEU DE CRISTALLISATION, SOIT PAR L'EMPLOI DE GEL, SOIT PAR CRISTALLISATION EN MICROGRAVITE. UN PREMIER TRAVAIL A PERMIS DE DEMONTRER PAR DIFFERENTES TECHNIQUES DE DIFFRACTION (TOPOGRAPHIE X ET MESURE DE MOSAICITE DES CRISTAUX) L'EFFET BENEFIQUE D'UN GEL D'AGAROSE SUR LA QUALITE DES CRISTAUX DE THAUMATINE, DE LYSOZYME DE DINDE, D'ASPRS DE T. THERMOPHILUS ET DU VIRUS DU RABOUGRISSEMENT BUISSONNEUX DE LA TOMATE. UN DEUXIEME TRAVAIL, REALISE LORS D'UNE MISSION SCIENTIFIQUE A BORD DE LA NAVETTE SPATIALE NOUS A PERMIS DE TESTER L'EFFET CONJOINT DU GEL ET DE LA MICROGRAVITE SUR LA THAUMATINE. CES ETUDES COMPARATIVES MONTRENT QUE LA CROISSANCE EN GEL, TOUT COMME EN MICROGRAVITE, AMELIORE LES DONNEES DE DIFFRACTION ET LA MOSAICITE DES CRISTAUX. DES ESPACES COMPLETS DE DIFFRACTION ONT ETE COLLECTES A PARTIR DE CRISTAUX OBTENUS EN MICROGRAVITE, PERMETTANT LE CALCUL DE CARTES DE DENSITE ELECTRONIQUE A RESOLUTION ATOMIQUE (
Author: Eric Girard
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Languages : fr
Pages : 172
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Une étape clef pour résoudre la structure de macromolécules biologiques est de déduire la phase des facteurs de structure à partir des intensités diffractées par le cristal. Les méthodes de phasage SAD (Single-wavelength Anomalous Diffraction) et MAD (Multiple-wavelength Anomalous Diffraction) utilisent la variation du facteur de diffusion de quelques atomes, présents dans la structure native ou introduits à dessein, dans un de leurs seuils d'absorption. De fortes variations des facteurs de diffusion anomaux, f' et f", induisent de fortes différences entre les intensités des paires de Friedel mesurées à une ou à plusieurs longueurs d'onde. La phase du facteur de structure est déduite de ces différences. Nous avons apporté de nouveaux développements aux méthodes SAD et MAD à l'aide de dérivés obtenus avec des complexes de lanthanides (f' et f" très élevés). Les premiers complexes étudiés ont été ceux de gadolinium, élément qui présente une raie blanche (f"=28e-) dans son seuil d'absorption LIII ([Lambda]=1.711 Aʿ) et pour lequel la diffusion anomale reste importante (f"=12 e-) avec le rayonnement d'un générateur de laboratoire. Ces complexes permettent de résoudre de novo, par la méthode SAD, la structure de macromolécules qui vont du lysozyme (14 kDa) à partir de données enregistrées au laboratoire, à l'OTCase 3630 (450 kDa par unité asymétrique) à partir de données enregistrées, à l'aide du rayonnement synchroton, au seuil d'aborption LIII du Gd. La fixation dépend des agents de cristallisation : des complexes étudiés se fixent fortement sur des protéines cristallisant avec des sels (lysozyme, catalase et OTCase 3630) et se fixent peu sur des protéines cristallisant avec du PEG 8000 (urate oxydase, [bêta]-lactamase). Cette situation est inversée pour les autres complexes employés. La structure des cinq protéines étudiées a été résolue de novo par la méthode SAD avec ces molécules. Ces complexes de lanthanides présentent un grand intérêt pour la génomique structurale.
Author: ALAIN.. ROUSSEL
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Languages : fr
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LA CRISTALLOGRAPHIE DES MACROMOLECULES BIOLOGIQUES PERMET D'OBTENIR, A PARTIR DU SPECTRE DE DIFFRACTION AUX RAYONS X DE MONOCRISTAUX, LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE L'OBJET BIOLOGIQUE. ELLE COMPORTE QUATRE ETAPES PRINCIPALES: LA CRISTALLOGENESE, L'ENREGISTREMENT DU SPECTRE DE DIFFRACTION, L'OBTENTION DES PHASES ET LA CONSTRUTION DU MODELE. CE TRAVAIL DECRIT LA CONCEPTION DE LOGICIELS POUR LES PREMIERE ET DERNIERE ETAPES. DANS LA PREMIERE PARTIE, NOUS AVONS ECRIT UN LOGICIEL D'INTERROGATION EN LANGAGE NATUREL (ANGLAIS) D'UNE BASE DE DONNEES DE CRISTALLISATIONS DE MACROMOLECULES BIOLOGIQUES. NOUS AVONS FAIT UN ETUDE STATISTIQUE SUR L'UTILISATION DES DIFFERENTS AGENTS PRECIPITANTS. NOUS AVONS ENSUITE REALISE UN PROGRAMME D'ANALYSE DES CONTACTS CRISTALLINS INTERMOLECULAIRES. NOUS AVONS COMPARE CES INTERACTIONS AVEC CELLES EXISTANT A L'ETAT NATUREL DANS LES MULTIMERES PROTEIQUES. LA DEUXIEME PARTIE DE CE TRAVAIL A ETE CONSACREE A LA REALISATION DE LOGICIELS DE GRAPHISME MOLECULAIRE. NOUS AVONS TOUT D'ABORD ECRIT UNE OPTION PERMETTANT DE REPRESENTER, D'EDITER ET DE MANIPULER LES MOLECULES RELIEES PAR SYMETRIE SUR UN ECRAN GRAPHIQUE. PUIS NOUS AVONS REALISE, DE NOVO, UN LOGICIEL COMPLET DE GRAPHISME MOLECULAIRE: TURBO-FRODO. CE LOGICIEL EST FONDE SUR UNE BASE DE DONNEES ARBORESCENTE. IL PERMET LA MODELISATION ET LA CONSTRUCTION DE MODELES DE MACROMOLECULES DANS DES CARTES DE DENSITE ELECTRONIQUE. LA FACILITE D'UTILISATION ET LA DIVERSITE DES OPTIONS FONT DE CE LOGICIEL UN OUTIL POUR LA CRISTALLOGRAPHIE ET AUSSI POUR LA BIOLOGIE MOLECULAIRE STRUCTURALE
Author: JEAN-PIERRE.. GUILLOTEAU
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LE TRAVAIL DE THESE PRESENTE DANS CE MEMOIRE A CONSISTE A: 1) ETUDIER L'INFLUENCE D'AGENTS PRECIPITANTS SUR LA SOLUBILITE ET LA CRISTALLISATION DU LYSOZYME EN UTILISANT UNE METHODE QUANTITATIVE: LA DETERMINATION DES COURBES DE SOLUBILITE. EN PREMIER LIEU CETTE METHODE A ETE APPLIQUEE A LA RECHERCHE DE COMPOSES ORGANIQUES COMME NOUVEAUX AGENTS DE CRISTALLISATION. PUIS L'INFLUENCE DE LA TEMPERATURE SUR LA SOLUBILITE A ETE ETUDIEE EN MESURANT LES COURBES DE SOLUBILITE DE LA PROTEINE EN PRESENCE DE DIVERS SELS A 0C, 18C ET 40C. 2) ABORDER LES INTERACTIONS ENTRE LES IONS ET LA PROTEINE EN METTANT EN EVIDENCE LA FIXATION DES IONS PAR DIALYSE A L'EQUILIBRE PUIS EN ETUDIANT L'EFFET DES IONS SUR L'ACTIVITE ENZYMATIQUE DU LYSOZYME. 3) APPROFONDIR CES RESULTATS PAR L'ETUDE DE L'EFFET DES SELS SUR LES INTERACTIONS ENTRE MOLECULES DE PROTEINE EN SOLUTIONS SOUSSATUREES EN UTILISANT LA DIFFUSION DES RAYONS X AUX PETITES ANGLES. CES RESULTATS ONT ETE COMPARES AVEC LES EFFETS DES SELS SUR LA SOLUBILITE
Author: Sylvain Engilberge
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Languages : fr
Pages : 0
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Depuis les premières structures de protéines déterminées dans les années 1950, la cristallographie aux rayons X s'est imposée comme une méthode de choix pour l'obtention de données structurales à l'échelle atomique. Malgré les progrès technologiques qui ont révolutionné cette méthode (sources synchrotron, détecteurs pixel, programmes informatiques performants), l'obtention d'une carte de densité électronique permettant de modéliser la structure d'une macromolécule demeure toujours limitée par deux goulots d'étranglement qui sont, l'obtention de cristaux de la macromolécule d'intérêt et la résolution du problème des phases inhérent à l'enregistrement des données de diffraction.Cette thèse présente un nouveau complexe de lanthanide appelé « crystallophore » (Tb-Xo4). Cette molécule a été développé en collaboration avec Olivier Maury et François Riobé du laboratoire de chimie Matériaux Fonctionnels et Photonique (ENS -Lyon). La conception de ce nouveau complexe est basée sur quinze années de développement dans le domaine de la biologie structurale. Cette thèse présente les effets uniques induits par de Tb-Xo4 sur la cristallisation et sur la détermination des structures de macromolécules biologiques. L'ajout de Tb-Xo4 au cours de la cristallisation permet d'induire un nombre important de conditions de cristallisation exploitables dont certaines sont propres à la présence du crystallophore. L'analyse des structures atomiques de différentes protéines co-cristallisées en présence de Tb-Xo4 a permis à la fois de mettre en avant le pouvoir phasant élevé de Tb-Xo4 mais également de décrire finement l'interaction supramoléculaire du complexe avec la surface des macromolécules. Ce travail a conduit à la mise en place de protocoles de cristallisation et de phasage des macromolécules biologique assistés par Tb-Xo4. Sur la base de la compréhension du mode d'interaction de ce nouveau composé, cette thèse aboutit à la proposition d'un modèle expliquant les propriétés uniques de ce nouveau complexe de lanthanide.
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ISBN: 9782759824540
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Languages : fr
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Author: LUC.. LEBEAU
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Languages : fr
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L'ETUDE DECRITE DANS CE MEMOIRE A ETE REALISEE POUR TENTER DE RATIONALISER LA TECHNIQUE DITE D'ELECTROCRISTALLOGRAPHIE. CET OUTIL DE DETERMINATION DE STRUCTURE, COMBINANT L'UTILISATION DE LA CRISTALLISATION BIDIMENSIONNELLE, DE LA MICROSCOPIE ELECTRONIQUE ET DU TRAITEMENT D'IMAGE, PERMET D'ABORDER L'ETUDE STRUCTURALE DE MACROMOLECULES BIOLOGIQUES A PARTIR DE QUELQUES MICROGRAMMES DE PROTEINE PARTIELLEMENT PURIFIEE. DIFFERENTS SUPPORTS LIPIDIQUES, CONCUS POUR INDUIRE LA CRISTALLISATION BIDIMENSIONNELLE DE MACROMOLECULES BIOLOGIQUES, ONT ETE SYNTHETISES. LEUR COMPORTEMENT, LORSQU'ILS SONT REPANDUS EN MONOCOUCHE A L'INTERFACE AIR|EAU, A ETE ANALYSE. CERTAINS D'ENTRE EUX ONT ETE UTILISE POUR OBTENIR DES CRISTAUX BIDIMENSIONNELS DE LA SOUS-UNITE B D'UNE DNA TOPOISOMERASE DE TYPE II: LA DNA GYRASE
Author: Jukka K. Heinonen
Publisher: Springer Science & Business Media
ISBN: 9780792374411
Category : Medical
Languages : en
Pages : 266
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Dr. Heinonen reviews and critically evaluates the scientific literature on the biological role of inorganic pyrophosphate (PPi ) published from 1940 to the end of 1999. He describes and classifies all known biochemical reactions that produce Ppi; describes and evaluates all published methods used in biological Ppi; and compiles and critically evaluates information on the concentration of PPi (with the conclusion that, contrary to common belief, PPi exists throughout the living world in rather high concentrations). Many reactions in which PPi is used as a biochemical energy source instead of ATP have been described in recent decades, especially in bacteria, protists, and plants. These reactions are evaluated from the bioenergetic and regulatory points of view. Also considered is the possible role of PPi as a source of biochemical energy in the primitive phases of life, before ATP. Data is presented on the regulatory role of PPi in living systems, such as activities of enzymes, fidelity of syntheses of macromolecules, and proliferation of cells. PPi may also regulate the formation and dissolution of bone as well as pathologic calcification of soft tissues and the formation of urinary stones. The formation of calcium pyrophosphate dihydrate crystals in the extracellular fluids of joints cause the disease called pseudogout. Biological Role of Inorganic Pyrophosphate book is a unique and invaluable source of references (about 1120) and summarized data for professionals who study or plan to study the role of PPi in living systems. Many different branches of science (biochemistry, microbiology, bioenergetics, plant physiology, parasitology, evolution, orthopedics, rheumatology) have involvement with PPi. This book sums up available knowledge in one place and will help scientists cross disciplinary boundaries.
Author:
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ISBN:
Category : Agricultural biotechnology
Languages : fr
Pages : 630
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Author: M. Mathlouthi
Publisher: Springer Science & Business Media
ISBN: 1461526760
Category : Technology & Engineering
Languages : en
Pages : 308
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Book Description
This book provides an up-to-date overview of the economic, chemical, physical, analytical and engineering aspects of the subject, gathering together information which would otherwise be scattered over a wide variety of sources.
