Determination des Structures 3D des Macromolecules Biologiques par Diffraction X. Partie 1 PDF Download
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Publisher: Ed. Techniques Ingénieur
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 12
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Publisher: Ed. Techniques Ingénieur
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 12
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Publisher: Ed. Techniques Ingénieur
ISBN:
Category :
Languages : fr
Pages : 19
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Author: Cavarelli
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Languages : en
Pages : 0
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Author: Fabrice Gorrec
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Languages : fr
Pages : 90
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Book Description
La cristallographie aux rayons X permet la détermination des structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques ainsi que de leurs complexes à haute résolution. Cependant, la cristallisation des protéines est un phénomène totalement aléatoire et peu de cristaux sont généralement produits, de plus leur qualité et résistance sont souvent insuffisantes. Ces travaux visent à présenter les différentes étapes pour résoudre des structures de protéines ainsi que deux développements innovants pour formuler des solutions de criblage pour la cristallisation (appelés Pi et MORPHEUS).
Author: Vincent Favre-Nicolin
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Languages : fr
Pages : 0
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La diffraction des rayons x a ete developpee depuis pres d'un siecle pour la determination de structures cristallographiques. Mais la determination des structures les plus complexes (proteines, structures incommensurables) necessite l'utilisation de la diffraction anomale, i.e. La mesure des intensites de diffraction a plusieurs longueurs d'onde au voisinage du seuil d'absorption d'un element du cristal. Cette technique permet d'obtenir une information sur la phase du facteur de structure, ainsi que sur les positions des atomes anomaux. Dans cette these, nous presentons la diffraction anomale dispersive (dad), qui permet de mesurer simultanement les intensites diffractees a plusieurs longueurs d'onde, pour de nombreuses reflexions. Nous presentons deux modes de collecte, continu (ddafs-dispersive diffraction anomalous fine structure), et discret (smad-simultaneous multiwavelength anomalous diffraction). Nous avons developpe une procedure et un programme (dad) pour l'analyse quantitative des images de diffraction dispersive. Ce programme permet egalement l'analyse d'images de diffraction monochromatique presentant des reflexions satellites proches des pics principaux. Nous presentons les deux premieres experiences quantitatives de diffraction dispersive sur des cristaux biologiques. Nos resultats montrent que la determination de structure par la methode smad est possible. Des ameliorations aux protocoles de collecte et d'analyse sont encore necessaires pour ces cristaux. Une partie importante de cette these a ete consacree a l'etude de (tase 4) 2i : ce cristal quasi-1d presente une transition de peierls, la condensation des atomes de tantale etant recherchee depuis 15 ans. Notre etude a d'abord caracterise la structure en domaines de ce materiau, et la diffraction anomale a mis en evidence de maniere specifique la tetramerisation des atomes de tantale, accompagnant la modulation acoustique deja connue.
Author: VINCENT.. FAVRE NICOLIN
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Languages : fr
Pages : 235
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LA DIFFRACTION DES RAYONS X A ETE DEVELOPPEE DEPUIS PRES D'UN SIECLE POUR LA DETERMINATION DE STRUCTURES CRISTALLOGRAPHIQUES. MAIS LA DETERMINATION DES STRUCTURES LES PLUS COMPLEXES (PROTEINES, STRUCTURES INCOMMENSURABLES) NECESSITE L'UTILISATION DE LA DIFFRACTION ANOMALE, I.E. LA MESURE DES INTENSITES DE DIFFRACTION A PLUSIEURS LONGUEURS D'ONDE AU VOISINAGE DU SEUIL D'ABSORPTION D'UN ELEMENT DU CRISTAL. CETTE TECHNIQUE PERMET D'OBTENIR UNE INFORMATION SUR LA PHASE DU FACTEUR DE STRUCTURE, AINSI QUE SUR LES POSITIONS DES ATOMES ANOMAUX. DANS CETTE THESE, NOUS PRESENTONS LA DIFFRACTION ANOMALE DISPERSIVE (DAD), QUI PERMET DE MESURER SIMULTANEMENT LES INTENSITES DIFFRACTEES A PLUSIEURS LONGUEURS D'ONDE, POUR DE NOMBREUSES REFLEXIONS. NOUS PRESENTONS DEUX MODES DE COLLECTE, CONTINU (DDAFS-DISPERSIVE DIFFRACTION ANOMALOUS FINE STRUCTURE), ET DISCRET (SMAD-SIMULTANEOUS MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION). NOUS AVONS DEVELOPPE UNE PROCEDURE ET UN PROGRAMME (DAD) POUR L'ANALYSE QUANTITATIVE DES IMAGES DE DIFFRACTION DISPERSIVE. CE PROGRAMME PERMET EGALEMENT L'ANALYSE D'IMAGES DE DIFFRACTION MONOCHROMATIQUE PRESENTANT DES REFLEXIONS SATELLITES PROCHES DES PICS PRINCIPAUX. NOUS PRESENTONS LES DEUX PREMIERES EXPERIENCES QUANTITATIVES DE DIFFRACTION DISPERSIVE SUR DES CRISTAUX BIOLOGIQUES. NOS RESULTATS MONTRENT QUE LA DETERMINATION DE STRUCTURE PAR LA METHODE SMAD EST POSSIBLE. DES AMELIORATIONS AUX PROTOCOLES DE COLLECTE ET D'ANALYSE SONT ENCORE NECESSAIRES POUR CES CRISTAUX. UNE PARTIE IMPORTANTE DE CETTE THESE A ETE CONSACREE A L'ETUDE DE (TASE 4) 2I : CE CRISTAL QUASI-1D PRESENTE UNE TRANSITION DE PEIERLS, LA CONDENSATION DES ATOMES DE TANTALE ETANT RECHERCHEE DEPUIS 15 ANS. NOTRE ETUDE A D'ABORD CARACTERISE LA STRUCTURE EN DOMAINES DE CE MATERIAU, ET LA DIFFRACTION ANOMALE A MIS EN EVIDENCE DE MANIERE SPECIFIQUE LA TETRAMERISATION DES ATOMES DE TANTALE, ACCOMPAGNANT LA MODULATION ACOUSTIQUE DEJA CONNUE.
Author: CLAUDE.. SAUTER
Publisher:
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Languages : fr
Pages : 178
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CE TRAVAIL DE THESE A ETE L'OCCASION D'ABORDER PLUSIEURS FACETTES DE LA CRISTALLOGENESE BIOLOGIQUE, DISCIPLINE DONT LA VOCATION EST DE MIEUX COMPRENDRE L'IMPACT DE DIFFERENTS PARAMETRES PHYSICO-CHIMIQUES SUR LA CRISTALLISATION DES MACROMOLECULES BIOLOGIQUES. UNE PREMIERE PARTIE CONCERNAIT L'ASPARTYL-ARNT SYNTHETASE DE LEVURE. UNE FORME RACCOURCIE DE CETTE PROTEINE A ETE PURIFIEE A HOMOGENEITE. L'ETUDE DE SON COMPORTEMENT EN SOLUTION PAR L'ETABLISSEMENT D'UN DIAGRAMME DE PHASE A PERMIS D'IDENTIFIER DES CONDITIONS OPTIMALES DE CROISSANCE DE DEUX FORMES CRISTALLINES. L'ANALYSE DE CES CRISTAUX PAR DIFFRACTION AUX RAYONS X A CONDUIT A LA DETERMINATION DE LA STRUCTURE DE CETTE ENZYME A UNE RESOLUTION DE 2,3 A UN SECOND ASPECT CONCERNAIT L'USAGE D'ADDITIFS DE CRISTALLISATION AFIN D'AMELIORER LA QUALITE DES CRISTAUX. L'EFFET D'UNE SOIXANTAINE DE COMPOSES A ETE ANALYSE SUR LA CRISTALLISATION DE DEUX LYSOZYMES, DE LA THAUMATINE ET L'ASPRS DE THERMUS THERMOPHILUS, CE QUI A CONDUIT A MIEUX DEFINIR LES CONCENTRATIONS AUXQUELLES CES ADDITIFS DEVRAIENT ETRE EMPLOYES. DES POLYMINES NATURELLES ET SYNTHETIQUES ONT EGALEMENT ETE UTILISEES POUR AUGMENTER DE FACON SIGNIFICATIVE LA LIMITE DE DIFFRACTION DE CRISTAUX D'ARNT P H E DE LEVURE. UN DERNIER POINT S'ATTACHAIT A AMELIORER LA PERFECTION CRISTALLINE EN DIMINUANT LA CONVECTION DANS LE MILIEU DE CRISTALLISATION, SOIT PAR L'EMPLOI DE GEL, SOIT PAR CRISTALLISATION EN MICROGRAVITE. UN PREMIER TRAVAIL A PERMIS DE DEMONTRER PAR DIFFERENTES TECHNIQUES DE DIFFRACTION (TOPOGRAPHIE X ET MESURE DE MOSAICITE DES CRISTAUX) L'EFFET BENEFIQUE D'UN GEL D'AGAROSE SUR LA QUALITE DES CRISTAUX DE THAUMATINE, DE LYSOZYME DE DINDE, D'ASPRS DE T. THERMOPHILUS ET DU VIRUS DU RABOUGRISSEMENT BUISSONNEUX DE LA TOMATE. UN DEUXIEME TRAVAIL, REALISE LORS D'UNE MISSION SCIENTIFIQUE A BORD DE LA NAVETTE SPATIALE NOUS A PERMIS DE TESTER L'EFFET CONJOINT DU GEL ET DE LA MICROGRAVITE SUR LA THAUMATINE. CES ETUDES COMPARATIVES MONTRENT QUE LA CROISSANCE EN GEL, TOUT COMME EN MICROGRAVITE, AMELIORE LES DONNEES DE DIFFRACTION ET LA MOSAICITE DES CRISTAUX. DES ESPACES COMPLETS DE DIFFRACTION ONT ETE COLLECTES A PARTIR DE CRISTAUX OBTENUS EN MICROGRAVITE, PERMETTANT LE CALCUL DE CARTES DE DENSITE ELECTRONIQUE A RESOLUTION ATOMIQUE (
Author:
Publisher:
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Category : Agricultural biotechnology
Languages : fr
Pages : 630
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Author: Jenny Gu
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 1118210565
Category : Science
Languages : en
Pages : 1105
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Book Description
Structural Bioinformatics was the first major effort to show the application of the principles and basic knowledge of the larger field of bioinformatics to questions focusing on macromolecular structure, such as the prediction of protein structure and how proteins carry out cellular functions, and how the application of bioinformatics to these life science issues can improve healthcare by accelerating drug discovery and development. Designed primarily as a reference, the first edition nevertheless saw widespread use as a textbook in graduate and undergraduate university courses dealing with the theories and associated algorithms, resources, and tools used in the analysis, prediction, and theoretical underpinnings of DNA, RNA, and proteins. This new edition contains not only thorough updates of the advances in structural bioinformatics since publication of the first edition, but also features eleven new chapters dealing with frontier areas of high scientific impact, including: sampling and search techniques; use of mass spectrometry; genome functional annotation; and much more. Offering detailed coverage for practitioners while remaining accessible to the novice, Structural Bioinformatics, Second Edition is a valuable resource and an excellent textbook for a range of readers in the bioinformatics and advanced biology fields. Praise for the previous edition: "This book is a gold mine of fundamental and practical information in an area not previously well represented in book form." —Biochemistry and Molecular Education "... destined to become a classic reference work for workers at all levels in structural bioinformatics...recommended with great enthusiasm for educators, researchers, and graduate students." —BAMBED "...a useful and timely summary of a rapidly expanding field." —Nature Structural Biology "...a terrific job in this timely creation of a compilation of articles that appropriately addresses this issue." —Briefings in Bioinformatics
Author: Philip Coppens
Publisher: International Union of Crystallography
ISBN: 0195098234
Category : Science
Languages : en
Pages : 373
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Book Description
This book deals with the electron density distribution in molecules and solids as obtained experimentally by X-ray diffraction. It is a comprehensive treatment of the methods involved, and the interpretation of the experimental results in terms of chemical bonding and intermolecular interactions. Inorganic and organic solids, as well as metals, are covered in the chapters dealing with specific systems. As a whole, this monograph is especially appealing because of its broad interface with numerous disciplines. Accurate X-ray diffraction intensities contain fundamental information on the charge distribution in crystals, which can be compared directly with theoretical results, and used to derive other physical properties, such as electrostatic moments, the electrostatic potential and lattice energies, which are accessible by spectroscopic and thermodynamic measurements. Consequently, the work will be of great interest to a broad range of crystallographers and physical scientists.
